真菌以孢子扩散的方式进行繁殖，1个子实体可散发出数亿孢子。孢子分有性孢子和无性孢子两类。无性孢子(分生孢子)萌发长出菌丝，由菌丝体直接长成菌体。有性孢子的菌丝体萌发后往往得与其他菌丝结合才能继续生长形成菌体。
孢子扩散
孢子既可以主动扩散也可以被动扩散。被动扩散指孢子借助动物、风、水等外界力量向外发散，主动扩散则是子实体利用自身的一种特殊机制把成熟的孢子推出体外。
喷射
子囊菌类真菌，如图示的炭角菌，成熟子囊把孢子从子实体小口处喷出。
借助动物
孢子粘稠，如图示的笔形蘑菇，孢子成了昆虫美食，昆虫再把孢子带向四方。
借助风、水力
落在马勃上的雨水压迫孢体使之释放孢子，借风力扩散。
孢子印
从孢子印颜色确认某属蘑菇的所属种类是一种十分有用的方式。从有菌褶蘑菇(伞菌)里取证孢子印不是太难，这个过程既可观察菌褶间隔，又明确了孢子颜色。方法是：取新鲜蘑菇，切下菌盖，置有菌褶一面于黑白各半的纸上。如是浅色孢子，黑纸面可清楚显示孢子印色彩;如是未知色彩，白纸面显示的孢子印色彩也很清晰。
孢子颜色
同属蘑菇的孢子印颜色都很相似，因此，观察一个样品就可对该属蘑菇的孢子色彩有所认识。例如，所有的伞菌的孢子都在白纸上留下深褐色的孢子印;而某些类别的蘑菇，如红菇属蘑菇则完全不同，即使是相似种类，其孢子印颜色也各有区别：孢子印色彩多呈黑色、白色、奶油色，甚至还有红色、紫色或褐色。